Páter Pio mal dar jazyka. Nikdy neštudoval gréčtinu ani francúzštinu, ale z času na čas napísal svojmu duchovnému vodcovi v týchto jazykoch.
Napriek tomu, že páter Pio od 13. mája 1918 nikdy neopustil mestečko San Giovani Rotondo, existujú dôkazy, že ho videli na mnohých miestach na celom svete (bilokácia). Páter Alesio sa ho žartovne opýtal, kedy pôjde do Lúrd. Páter Pio mu odpovedal: "Nemusím ísť do Lúrd. Chodím tam každý večer. Pannu Máriu Lurdskú vidím každý večer."
Inou zvláštnosťou bola vôňa, ktorá sprevádzala pátra Pia a vychádzala z jeho krvavých rán. Táto vôňa bola v protiklade s tým, že krv sa najskôr rozkladá, pričom zapácha. Kapucín John A. Schug: "Mnoho ľudí (verím, že sú ich tisícky) povedalo, že zacítili vôňu, ktorá sa nejakým spôsobom spájala s pátrom Piom."
Medzi tými, ktorí túto vôňu zacítili boli kňazi, laici, ateisti aj ľudia zo zámoria. Keď zacítili vôňu, nie vždy si spomenuli na pátra Pia. Mnohí z nich ani nikdy nepočuli, že takýto úkaz sa spája s ním. Boli to napr. vône ruží, kadidla, levandule, ľalií, fialiek, borovice a síry. Najmenej štyria lekári nám potvrdili tento jav.
Dr. Romanelli: "Krv kvapkajúca zo stigiem pátra Pia má charakteristickú vôňu, ktorú zacítia aj ľudia be čuchu. Ak je krv zrazená alebo zaschnutá na nejakom odeve, ktorý mal na sebe, zostáva na ňom jeho vôňa."
Dr. Festa: "Pri svojej prvej návšteve som mu vzal z boku kúsok plátna nasiaknutého krvou. Ľudia, ktorí sa viezli so mnou v aute, zacítili nezvyčajnú vôňu. Pritom nevedeli, že som vzal so sebou zvláštny kúsok plátna. Zacítili to napriek tomu, že auto bolo v pohybe a vnútri cirkuloval vzduch. Tento jav je v protiklade ku všetkým prírodným a vedeckým zákonom. Zachádza až za hranice možností logickej diskusie."
Dr. Amanzio Duodo: "Dňa 15. februára 1950 som bol v rodine Battistu Bertola. Istý priateľ nám rozprával o veľkej pokore pátra Pia, keď nás zrazu a nečakane obklopila silná vôňa fialiek. Trvalo to asi pol hodiny, hoci dvere a okná boli otvorené dokorán. Neskôr nás oviala silná a ostrá vôňa parfumu."
Pani Mc Avoyová z Bronxu nikdy pátra Pia nestretla. Ťažko chorému bratovi prikladala na žalúdok kríž, ktorý požehnal páter Pio. Sadla si a zacítila krásnu, sladkú vôňu (zimozeleň). Po zápale pľúc už 23 rokov nemala čuch. Táto vôňa bola však prenikavá a zdroj vône nikde na okolí nenašla.
Medzi charizmy pátra Pia patrilo aj videnie do budúcnosti. Je napríklad známe, že pápežovi Pavlovi VI. predpovedal dva roky pred zvolením, že bude pápežom. Podobne predpovedal zvolenie za pápeža aj terajšiemu Svätému Otcovi Jánovi Pavlovi II.
V roku 1959 pri posväcovaní nového kostola v San Giovanni Rotondo k pátrovi Piovi pristúpila istá veľmi skľúčená pani z Neapola. Bola presvedčená, že vysviacka nového kostola je predzvesťou pátrovej smrti.
"Nie," ubezpečoval ju, "zomriem, keď budú posväcovať kryptu."
V nedeľu 22. septembra 1968 vysvätili kryptu. V pondelok o pol tretej ráno páter Pio zomrel. Všetci prítomní, vrátane doktora Salu, videli, že pátrovi stigmy úplne zmizli. Neostala po nich ani len jazva. Po smrti ho doktor Sala preobliekol, pričom cítil vôňu pomarančových kvetov. V priebehu jednej hodiny po smrti vyfotografoval páter Giacome jeho ruky, nohy a bok. Ostré zábery potvrdili, že sa mu po smrti rany vytratili z tela. Pokožku mal hladkú ako dieťa.
Zomrel v 81. roku svojho života. Na jeho pohrebe sa zúčastnilo 160 000 ľudí. Pre svoje duchovné deti zanechal záveť niekoľko dní pred svojou smrťou v slovách: "Milujte Pannu Máriu a vzbudzujte u druhých lásku k Nej!"
Po jeho smrti, v roku 1970 do San Giovanni Rotondo zavítali tri milióny návštevníkov. Proces blahorečenia sa začal v marci 1983 a pápež ho vyhlásil za blahoslaveného v roku 1999.
Mnoho pútnikov sa na vlastné oči presvedčilo o existencii jeho stigiem. Mnohokrát ich fotografovali. Veľakrát sa o nich písalo v rôznych časopisoch. Bolo o nich vydaných mnoho kníh v rôznych jazykoch. Stav a charakter stigiem pátra Pia skúmali rôzni znalci a odborníci, medzi nimi Dr. Romanelli, šéflekár z nemocnice v Barlette. Prípad je spoľahlivo dokázaný, overený a faktograficky dôkladne spracovaný.
V roku 1967 pátra Pia navštívilo asi pol druha milióna ľudí. Od rána do večera sa chceli s ním zhovárať laici, kňazi, biskupi, kardináli, lekári, politici... Za 50 rokov nemal dovolenku ani jeden jediný deň. Obracal na vieru najskeptickejších a najateistickejších kritikov. Nikto by nevedel zrátať všetkých ľudí, ktorých tento múdry muž priviedol na vieru.
Často sa tvrdí, že ľudia dychtia po zázrakoch. Opak je pravdou. Popierajú ich, pretože nie sú ochotní zmeniť svoj život. Keby ich uznali, museli by uznať ich pôvodcu - Boha a jeho zákon.
Medzi nami žije aj veľa zatvrdilých Tomášov, ktorí by neuverili ani vtedy, keby zostúpil z neba sám Ježiš Kristus a mohli by vložiť prsty do jeho rán. Je však medzi nami aj veľa skutočných kresťanov, ktorí ku svojej viere nepotrebujú žiadne stigmy ani iné zázraky, lebo celý tento svet a život v ňom sú tým najväčším zázrakom, ktorý ich utvrdzuje vo viere.
Otec Luis Andreau navštívil 8. augusta 1961 po tretí a posledný raz Garabandal. Chcel byť svedkom tamojších udalostí, ku ktorým bol skeptický. Poobede o 14.10 mali deti zjavenie a viackrát a naliehavo žiadali Pannu Máriu, aby dala nejaký dôkaz, keďže väčšina ľudí im neverila. Pred skončením zjavenia im Panna Mária povedala, že v ten deň budú mať ešte jedno zjavenie večer, čo bolo nezvyčajné.
V ten večer sa zjavenie začalo v kostole a pokračovalo na kopci pri píniách. Conchita sa znovu opýtala na dôkaz, lebo ľudia by neverili. Potom sa prihodilo niečo nezvyčajné a jedinečné. Otca Luisa, ktorý intenzivne sledoval dievčatá, náhle prenikol hlboký cit a ľudia začuli ako štyri razy s pohnutím a vysokým hlasom povedal: "ZÁZRAK!" Vyzeral veľmi vážne a tak pohnute, že jeden svedok povedal, že v jednej chvíli jeho tvár vyzerala ako jedna ,,veľká slza".
O ďalšej zvláštnosti si Conchita zapísala do denníka: "Videli sme ho. Nikdy sme v extáze nikoho nevideli, ale otca Luisa sme videli a Panna Mária nám povedala, že otec Luis ju vidí a vidí aj Zázrak." Panna Mária vlastne dala pomocou otca Luisa dôkaz. Otec Luis Andreau v ten deň zomrel na ceste autom domov. Jeho posledné slová boli: ,,Akú krásnu Matku máme v nebi! Aký dar mi dala. Toto je najšťastnejší deň v mojom živote!"
Panna Mária v jednom zo svojich zjavení povedala Conchite: „... a páter Pio tiež uvidi Zázrak." Páter Pio počas svojho života zaručil autenticitu zjaveni v Garabandale. Stretol sa s Conchitou v San Giovanni Rotondo v roku 1966. V posledných dňoch svojho života o tom rozprával so svojimi bratmi a pre Conchitu zanechal osobnú správu, ktorú zveril pátrovi Pellegrinovi. Správu, ktorá obsahovala závoj a ktorý mal páter Pio po smrti na tvári, odovzdali Conchite v oktobri 1968 v Lourdoch. Conchita sa vtedy čudovala, ako je to možné, že Panna Mária jej povedala, že páter Pio má uvidieť zázrak a on zomrel. Otec Cennamo, ktorý jej závoj odovzdal, jej povedal, že páter Pio zázrak pred svojou smrťou videl a povedal mu o tom.